构象搜索工具

原理是利用rdkit的EDKDG方法生成一大批初始构象,然后调用MMFF94力场进行优化和能量计算,然后进行能量和结构RMSD的去重,最后进行排序和玻尔兹曼分布计算,得到可能性大于1%的所有构象。

使用教程

打开软件后等待加载完成出现如下提示

教程第一章

输入smiles式后回车,可以自定义初始生成构象或者直接回车让软件自己设置

如果你不知道什么是smiles,可以在ChemDraw中绘制好分子结构后,右键,选择"Molecule" → "Copy As" → "SMILES"即可复制smile式

教程第二章

会进行结构优化和能量计算,然后去重后计算玻耳兹曼分布和分子直径体积

教程第三章

输入需要保存的文件名并回车,会在当前的文件夹中生成结果文件夹

教程第四章 教程第五章

完整的分子信息和坐标保存在.xyz文件中,也可以直接点击.html文件看到可视化结果

教程第六章 教程第七章